https://support.nintendo.co.jp/app/answers/detail/a_id/34963/p/33任天堂HPのQ&Aでフォーマットに関する記述を探してみました。
『
Q.【3DSシリーズ】SDカードを認識しなくなりました。どうすればよいですか?
A.次の方法で改善する可能性がありますのでお試しください。
(中略)
SDカードをフォーマットする。
SDカードをフォーマットすることで改善する可能性があります。フォーマットはパソコンなどを使って行ってください。
フォーマットすると、SDカード内のデータはすべて消去されますので、パソコンなどにデータを移動させてから行ってください。
SDカードのデータがパソコンに移動できない場合や、フォーマットができない場合は、SDカードの故障や保存されたデータに異常があることが考えられます。その場合はSDカードを交換してください。
』
以上の文面から
「パソコンでSDカードをフォーマットすること自体は任天堂も認めている」
「クラスタサイズを特定のサイズにすることは義務付けていない」
と言えます。
したがってクラスタサイズの変更で修理拒否になる可能性は低いと言えます。