ゲームボーイのエミュレータはただエミュレータだけでなくROMのデータまで付属していたようなので完全に問題です。
ただ以前から出ているレトロPCのエミュレータはROMも付属しておらず、スマイルブーム社長も存在について確認しているとした上で、ROMを付属していなければ問題無いとコメントしています。
今回のようなゲームボーイのエミュレータは任天堂ハード上で行っていますし、場合によっては任天堂側から削除要請がでる可能性もあるのであまり良い感じではないですね。
「エミュレータ」自体は違法性はありませんが、ROMの扱いなどでグレーになる事もあります。