BPMが決まっているなら波形の長さとBPMから何分音符かを計算すればいいと思います。
例えば曲が160BPM、波形が0.1秒の場合、
160BPMのN分音符は 60/160*4/N 秒なので、
60/160*4/N = 0.1 より
N = 60/160*4/0.1 = 15 分音符です。
プチコンのMMLで正確な15分音符は使えないので、
これより長い12分音符か8分音符にして、
それに合わせて波形の方に無音を足して秒数を合わせる
でいいんじゃないでしょうか。
あるいは波形は変えずにできるだけ15分音符に近い音符を作るには、
プチコンで使える最も短い音符が192分音符なので、
192分音符をいくつか並べて15分音符にすると考えると、
192/15=12.8より
1/192 *13 が 1/15 に最も近くなるので、
192分音符を13個並べればいいということになります。
これに休符を足して例えば8分音符にしたければ、
192/8=24 なので192分休符をあと11個足せばよいです。
MMLでは L192 C&[C&]11C [R]11 と書けます。
ちなみに13=3+4+6より
192分13個=64分+48分+32分=48分+付点32分、
11=2+3+6より
192分11個=96分+64分+32分=96分+付点32分
でも表せますし、他の表し方もできます。