GFILLで描いたものと、GLINEで描いたものを、別のものとして扱いたい場合、やはりSPRITEが便利だと思います。画面に見えている範囲が400×240(3号の場合)に対して、GRPの広さは512×512あるので、例えばGFILLの方を見えてない範囲(X=0,Y=240以降とか)に描いて、それをSPRITEとして見えている範囲に表示するとか。
GPAGE 0,0
GCLS
SPPAGE 0
U=0:V=240:W=400:H=240
SPSET 0,U,V,W,H,0
SPOFS 0,0,0
SPSHOW 0
GFILL U+100,V+100,U+199,V+199,#GREEN
GLINE 100,100,199,199,#BLUE
WAIT 300
GPAINT U+150,V+150,0
因みにSPSET時点でアトリビュートを0にしておけば、SPSHOWするまで表示されません。