あきとさん
回答ありがとうございます!
PRINT命令でY,BYを確認してみると、
BGが全くスクロールしない場合、最大高度までジャンプしたときBYは0、もしくはマップの幅の上限(公開キーのプログラムでは480)に固定されたままYだけが66変化していて、
BGだけがスクロールする場合、Yは画面中央(120)に固定されたままBYだけが72変化しています。
ジャンプの軌道がスクロール境界をまたぐ場合、YとBYの変化量の和が66〜72くらいの半端な値になる、
という具合なので、少なくともYかBYどちらかしか変化しない前2つの場合においては「YとBYが両方変化している」のが原因とは思えないのですが、どうでしょうか。
(ここでのスクロール境界というのはBYが0、又は480(マップ端)の時のY==120のラインという意味で言っています。)