本体のみで完結して本体も軽くて小さいためいつでもどこでもプログラミングができるというのがプチコン3号の一番のメリットだと思います。
プチコンBIGも気合いを入れてWiiUをモバイルすれば外出先(喫茶店のテーブル、電車の中など)で使用することができますが、お手軽さはプチコン3号の方が桁違いに上です。
ハード的なメリットではなくプチコン3号のソフト的なメリットといえば普通の人ならば立体視を挙げるところでしょうが、個人的にはプチコン3号のQSPはプチコンBIGにはない機能であり、プチコン3号の醍醐味を味わえるものだと思います。(しんいちさんのQSP VIEWER for BIGを使えばBIGでプチコン3号のQSP相当の表示を再現が可能)