好きな方…というか目的に合ったものを選ぶべきですね。
作る側の場合、プチコン3号は未だに人気があるので、3号と互換性のあるBIGで開発するのは悪くない選択だと思います。ただ、プチコン4は体験版もあるので、より多くの人に遊んでもらいたい場合は4も選択肢に入ってくるかと。
遊ぶ側の場合、プチコン4は歴史が長いだけあり、作品数も多いと思われます。ただ、プチコン4ではプチコンBIGの作品もダウンロード出来ます。そのままでは動きませんが、動くように改造することも出来るので、読解力に自信があれば4もありです。また、4では公開キーを入力せずとも最新の作品をダウンロード出来たりします。あと、プチコン4でしか遊べない作品も当然あるので、気になった作品があれば4を買うべきです。