現状(ver2.3)、ファイルメニュー的なもの(MAIN.PRG)からPRG2ファイルを選択し、その時に3号用に変換されて(保存されず)実行されます。
ただこの方法だと重いプログラムは変換に数分かかることもあり、起動するたびに毎回待たされるのがちょっと不便です。
なので次のバージョンから、プチコンバータみたいにあらかじめ全ファイルをmkII→3号変換させるほうがいいのかなーと思ってるんですけどどうでしょうか。
プチコンバータを使ってmkII→3号→4の変換ができたらいいなと思ってるんですが、プチコンバータはEXEC時に変換通すらしいので、それだったらmkII→3号変換してから3号→4と変換させるよりも、今のままの仕様の方が使いやすいような気もするんですよね
http://wiki.hosiken.jp/petc3gou/?Toukou%2F%A5%D7%A5%C1%A5%B3%A5%F3mkII_at3%B9%E6