一言で言うと、全く異なる言語です。かなりの部分が違います。
(Visual Basicについても、複数の系統が存在していて、少しずつ異なるので、比較にあたって少し説明が難しいです)
思いついたことだけでも、
・IF文やFOR文などの書き方はよく似ています(ちょっと違いますけどね)
・サブルーチンの書き方がだいぶ違います
・変数の仕組みもだいぶ違います(そもそもVisual Basic同士でも違ったりします)
・そもそも目指す機能が違うので命令セットが全く異なります(プチコンはゲーム向けのシンプルな構成、Visual Basicはそれぞれの系統に特化した盛りだくさんな構成。Windowsプログラム用とかExcel用とかバッチ処理用とか)
などなど。
違いを探し出すと膨大な量の違いが見つかると思います。ただ、個人的に一番大きな違いを一つ選ぶとすれば「プチコンは任天堂のゲーム機で動く」ということでしょうか。公式的に趣味的に任天堂のゲーム機で自作プログラムを動かすならプチコンが一つの大きな選択肢になると思います。