私は一昨年の時点で上限の100個に達しましたが。
せっかく公開キーを入力したのにもうDLできないというのを避けるため残していたらこのようになりました。
そのため公開時のリンク数や重要度から消しても影響が少ないものを1つずつ消すことで何とか繋いでいます。
Miiverseが終了前にQSPを1つのフォルダにまとめたのでこれによって少しは余裕ができました。(それでも全部消すわけにはいかないので優先度の低いものから順番に消している)
1つのプロジェクトフォルダにまとめるというのが最も簡単な解決法ですが結局ファイルを消さないといけないため公開キーを書いたトピックス内に新しい公開キーを書くのが良いと思います。(twitterならばリプライで対応)
またNNIDごとにプチコンを購入可能なので本体を複数台持っているならばすべてゴールド会員になることで5台であれば500個までのファイルをアップロード可能になります。(WiiUならばマルチアカウント対応なので本体を買い増す必要はない)