Petitverse

素直にやるなら、まずグラフィックページに適当な空白を用意します。そこにGPUTCHARを使って、表示したい文字列を書き込みます。
そのあとスプライトを生成し、先ほどのグラフィックページの文字を書き込んだ範囲をスプライトのUVWHに指定してあげます。
4ではスプライトごとに参照グラフィックページを選択できるので、このやり方で大体なんとかなります。3号はちょっとグラフィックページの余裕がなくなる可能性あるかも？

スプライトなのだから消すのはgclsではなくspclrでは？
スプライトのアニメーション情報を保持するならspstop、sphideを使うと出来ます(多分)

gclsが必要ということは、そのグラフィックページを1枚まるごと別の何かに使ってるのだと推察しました。
であれば、そのページとGPUTCHARのページを別にしたらいいかと思います。
具体的な例を言うと、gclsしたいページが0ページなら、GPUTCHARするページを1ページとします。スプライトは1ページを参照するようにSPPAGE命令で指定します。

この問題は、あらゆるオブジェクトにプログラムのどこからでもアクセスできるSmileBASICの設計に起因するものです。
この問題はグラフィックページだけではありません。例えば、DEFでスプライトを生成したとして、プログラムの他の箇所で同じスプライトIDにSPCLRしてしまう可能性は十分にあります。
この場合、プログラムの書き方ルールやテクニックで乗り切るのがセオリーです。
例えば、今回作ろうとしているDEFで、関数側がグラフィックのどこを使うのか決めるのではなく、関数を呼び出す側で指定するように設計してはどうでしょう？
DEF StrAnimSpr string$,u,v,w,h
という風に引数を作ってあげるのです。

1文字１スプライトでの例(フォントは16)：

DEF SPUTCHR(X,Y,S,C)
VAR P=SPPAGE(),F=16,L=LEN(S)
DIM D%[L]
VAR U,V,I,N
SPPAGE #GRPF
FOR I=0TO L-1
FONTINFO S[I],F OUT U,V
N=SPSET(U,V,F,F,0,0)
SPOFS N,X,Y
SPCOLOR N,C
SPSHOW N
D%[I]=N
X=X+F
NEXT
SPPAGE P
RETURN D%
END

#GRPFを直接SPPAGEにしているので、別途このDEF用にGRP領域を確保する必要はない。そのかわりスプライト枚数はたくさん使う。

文字列としまとめて動かしたいのなら
しんいちさんのサンプルにSPLINKまで組み込んでみたらいいんじゃないんです？