変な信号が出てしまうと困るため、窓関数というものを使います。
窓関数は、端の要素には0に近い値、中央の要素には1に近い値を掛けることで、信号の端と端をなめらかに繋ぐ効果があります。
画像は窓関数のブラックマン窓を使い、111周期分のcos波をFFTしたものです。
もちろん、窓関数を掛けると元の波形とは形が変わってしまいますが、窓関数を使わない場合と比べて余計な信号が出ないため、使わないよりは良い結果になります。
窓関数は、ハニング窓、ハミング窓、ブラックマン窓などが存在し、ハニング窓<ハミング窓<ブラックマン窓の順に余計な信号を軽減する効果が大きくなります。
ただし、余計な信号を軽減する効果が大きい窓は、波形の変形も大きいので注意です。