速度重視するならばGTRI2つで直線(というか長方形)を描画するのが最も高速です。サンプルプログラムを用意しました。
New3DSならば太さ9ドットの線(S=4)が毎秒11700本程度描画できます。
ノーマル3DSでも毎秒3000本程度は描画できると思います(太さ1ドットの線の描画品質が落ちてもよいのであればS<1のIF文処理を削ることでほんの少しだけ高速になる)。
線の端が丸い方が良いのであれば両端に塗りつぶし円を描画すれば良いです。
ただし、GCIRCLE+GPAINTだとNew3DSで毎秒4800本程度まで速度が落ちました。
これでもノーマル3DSで毎秒1000本以上は余裕で描画は可能な速度ですが、常に丸型処理が必要でないのであれば丸型処理の線描画DEFと角形処理の線描画DEFの2つを使い分けるのが最も高速だと思います。