構文解析というと、yacc/lexというものがあります(ツールというか、インタプリタというか、言語というか、何て言うんだろう^^;)。確かプチコンでどなたかが作ってたと思います。それを利用してみるのも良いかもしれませんが、yacc/lex自体の知識が無いと難しいかも知れませんね(私は昔書籍を買った覚えがあるけど、身に付かないままどこかに行ってしまいました)。
独自で解析を行うとなると、SmileBASICの場合面倒そうなのはIF、GOSUB、GOTO辺りになるのかな。いずれも構文のひとかたまりがどこからどこまでになるのかを判定するのが難しそう。