ボクも1つの画像にプレイヤーと敵をまとめて描いて読み込む派です。
ただ、実は上画面に割り当てられるSPPAGEと下画面に割り当てられるSPPAGEは別々に定義できるので、上画面には敵キャラ、下画面にはプレイヤーのみ表示するという制限のもと、別々のグラフィックを割り当てることが出来ます。
例:
ACLS
XSCREEN 3 '上下画面を使えるように
DISPLAY 0 ' 上画面
LOAD "GRP3:ファイル名",0 '敵キャラ読み込み
SPPAGE 3 '割り当て
SPDEF 0,0,0,16,16,8,8 'SPRITE0(上画面)を定義
SPSET 0,0 '0番のスプライト(上画面)を表示
DISPLAY 1 '下画面
LOAD "GRP4:ファイル名",0
SPPAGE 4
SPDEF 0,0,0,16,16,8,8 '上画面のSPRITE0と下画面のSPRITE0は別物
SPSET 0,0 '上画面のやつとは別々に操作できる。