Petitverse

並行ですね。
ストーリーを先に考えると、自分の技量とかでやりたい事をやむをえずカットしてしまってがっかりするときがあるので。
新たなひらめきが作っている途中に浮かぶかもしれないし。
（でもいいアイデアがでるのは歩いて学校から帰るときなんだよなぁ。）

1を思いついたら1を作りましょう
それが1番かんたんです

アイデアの原型→根幹をプログラミング→アイデア練る→プログラミング
といった形で自分はやります。
といっても長編作ったこと無いんですがね()

ストーリーとプログラミングは並行ですね。
ストーリーがあると先を見据えてプログラミングできますし、逆にプログラミングしていると面白いシステムが閃いてストーリーに組み込みたくなるかもしれません。
私自身も今長編SRPGを作っていますので、参考になれば幸いです。

自分のアクションアドベンチャーの時は、まず初めに大まかな動きを作って、それからストーリー作って、ストーリーをイベント化していく段階で細かな設定作っていきながらプログラミングしていきました。だいたい並行作業ですね。

ストーリーを5W1H化してシステムとして扱える様にしとけば
「誰が何処で何をゲーム」みたく色々と応用が効くようになるんじゃないんです？
長編のお話も大まかに捉えると5W1Hの入れ子構造で枝葉が並列に付いてる感じだったりしますし、一本の幹となるアイデアをどこに据えるかって考える時の参考になったりするかも。