3DSの感圧式のタッチパネルは基本的に1点しか取得できません。2点を同じような強さで押さえた場合には2点の真ん中の辺りの座標が取得されるため「タッチしている2点の座標」を取得することはできません。
とはいえ、1フレームごとにタッチ取得座標を監視していきその変化量を元に判断すれば1点タッチから2点タッチに変ったことは判断が可能になり、「1点から2点に変った瞬間」にタッチ取得座標から2点の座標を求めることが可能になります。
同様な方法で2点から3点に変ったことを判断すれば3点タッチの座標の取得も可能だし、4点タッチの座標の取得も可能です。(ただし、座標数が増えれば増えるほど誤差が大きくなる上に下記の問題もあるため2点が事実上の限界かも)
キルル2さんがプログラムリストを書いてくださっていますが、私のサイトへのリンクを張っておきます。
http://ochameclub.web.fc2.com/petitcom/multi_touch.htmプチコンmkII用のプログラムなのでプチコン3号ではそのままの状態では動作せず改造が必要になりますが、処理の解説や実際にどのように動くかの動画も貼っているため参考にしてみてください。
しかし、上記のリンク先やあきとさんが書いて下さっているように0点タッチ(タッチしていない状態)から2点タッチに変った場合(1フレームのずれもなく2点がタッチされた場合)にはこの方法では判断ができず2点の座標を求めることはできません。
あくまで擬似的なマルチタッチ判定プログラムに過ぎません。
スマホに用いられている静電容量方式であればマルチタッチに対応可能ですが、仕組み的に精密な座標取得は難しいです。
1点タッチであれば感圧式のタッチパネルの方がタッチ座標取得の面では優れているといえるでしょう。(先が細いペンを使えば1ドットのずれもなくドット打ちが可能になる)