Petitverse

原因は現在調査中です。
とりあえず思ったこと。
インデント(IF〜ENDIF、FOR〜NEXTなど複数行に渡る文の間を1マス開けること)をつけた方が読みやすくなって、読むほうもやりやすくなりますよ。
あと、@EN_SHOT最後のIFラッシュはENDIF使った方が良いと思いました。

いくつか原因を見つけました。
まず、ボスの攻撃時、2フレームに1回@SHOT2を呼び出してますが、後半の方になると、900回ぐらいループしています。
2フレームに1回900回ものループを実行すれば当然処理落ちします。
続く

その2　配列を読み書きしすぎ
プチコンで配列が遅いことは有名な話。
特に@EN_SHOTは、呼び出される回数が多いため、特に注意です。
たとえば、ES_XやES_YはSPOFS　OUTで代用
ES_N2はSPROT OUTを使うのはどうでしょう。
スプライトを常時SETをやめて、SPUSEDを使うのもありでしょう。

その3　ELSEIFを使う。
142行目から176行目、178行目から181行目はELSEIFが使えそうです。
その4 弾が多い
ぱっと見使っている弾は少なそうですが、2フレームに1回@SHOT2を呼び出しているので、結局フルに弾を発射しています。この弾の数で、あれだけ複雑な動きをすれば、処理落ちは避けられないかと思います。

その5　SPFUNCを使う。
FORで1つ1つスプライトを動かすより、SPFUNCとCALL SPRITEを使って一斉にスプライトを動かした方が高速だと聞いたことがあります。少しは高速化出来るかもしれません。
以上です。