とりあえず3つほど仮説を立ててみました。
まず、現状かにみそさんが仰られている状況は、プチコンの環境で再現可能なものです。
テキストデータはソースのどこかに暗号化されて仕込まれている可能性がありますし、
BEEPにない音も波形やMMLを使えば可能です。
1度目と2度目で実行結果を変えるのも、CLIPBOARDやRND、DATEを使えば可能です。
これが1つ目の可能性「そういうイタズラプログラムだった」説です。
2つ目は「本当にSmileBoomが遊び心で変なエラーを仕込んでた」説。
TALK命令やヘルプ機能に隠し要素があるので可能性としてなくはないですが、
エラーメッセージはプログラミングにおいて重要性が高いものなので、
邪魔なイースターエッグを仕込む可能性は低いと思います。
3つ目は「心霊現象説」です。
恐らく小林社長の生霊の仕業です。