大事なポイントは2つあって、
無限ループ(REPEAT〜UNTIL 0 か、WHILE 1〜WEND)の中でVSYNC (1/60秒待つ)を呼んで、1フレーム(1/60秒)ごと処理を行う作りにして、1秒に60回実行されるようにすることと
このループの処理は必ず実行されてしまうので、時間をカウントして、自分が実行したい処理は条件を決めて実行することです。
無限ループ中の条件は今回のように時間だけではなくて、ゲームを作る場合に、ボタン入力があればプレイヤーを動かしたり、敵が勝手に移動していて壁にぶつかったら方向を変えたり、いろんな条件で使えます。
ちなみに作り方になっちゃうけど、時間をカウントする変数はカウントするだけに使って、条件判定で計算したほうが複数の条件を書けるようになったりします。
REPEAT
VSYNC
CNT=CNT+1
IF 0==(CNT MOD (3*60)) THEN BEEP 1
IF 0==(CNT MOD (4*60)) THEN BEEP 2
UNTIL 0
作るものによっては時間をカウントする変数を更新するやりかたもあるので、まちがいというわけではなくて、目的によって作り方を変えることがあるということです。