PetitModem3DSのことですか?
でしたら、動きません。
普通にFTPサーバやウェブサーバを建てたり、
Sambaを使ったりして下さい。
自分がやったらSambaは、
Raspbian入りRaspberry Pi 3→Windowsパソコン
は成功しましたが、
Windowsパソコン→Raspbian入りRaspberry Pi 3
は上手くいきませんでした。
ウェブサーバだったら色々な端末から見れるからおすすめ。
丁度貴方Raspberry Piでウェブサーバ建てているらしいですし。
PetitModemPCのことですか?
でしたら、動きません。
ExaGear DesktopでWineを使えば動くかもしれませんが。
自分はやったことないので知りません。
簡単なC#で作られたものだったら、
Monoで動きますが、PetitModemPCは動きませんでした。
ちなみにMonoのダウンロード方法は以下のリンクに書いてあります。
http://www.mono-project.com/download/stable#download-lin-raspbian